Biyogaz tesislerinde kullanılan organik maddeler, evsel atıklar, büyükbaş hayvan gübresi, kümes hayvanları gübresi gibi organiklerdir.
Fermantasyon tanklarından geçen sıvı şeklindeki bu organikler, katı ve sıvı ayrışımından sonra iki ayrı formda organik gübre özelliğine sahiptir.
Katı olan organik atıklar, organik gübre tesisine gönderilir. Birtakım organik ve elementer katkılar ile pazara sunulacak organik gübre haline getirilir.
Sıvı olan organik atıklar, uzun süre saklanamaması sebebi ile tankerler vasıtası ile tarım alanlarına gönderilir.